Sau khi hoàn thành Sử ký vào khoảng năm 91 TCN, bản thảo gần như hoàn thành của tác phẩm được cất giấu trong nơi ở của con gái Tư Mã Thiên là Tư Mã Anh (司馬英), để tránh cho nó không bị phá hủy dưới thời của Hán Vũ Đế và người kế nhiệm là Hán Chiêu Đế. Sử ký cuối cùng cũng đã được phổ biến trong thời cai trị của Hán Tuyên Đế của cháu Tư Mã Thiên (thông qua con gái của ông) là Dương Uẩn (杨惲), sau một thời gian khoảng 20 năm.

Những thay đổi trong bản thảo của Sử ký trong thời gian gián đoạn này đã luôn luôn gây ra tranh cãi giữa các học giả. Đó là việc văn bản ít nhiều gì được hoàn toàn vào khoảng năm 91 TCN trong thư gửi Nhâm An, và Tư Mã Thiên đã nêu rõ con số chính xác của các quyển cho từng thiên của Sử ký [17]. Sau khi ông qua đời (có lẽ chỉ một vài năm sau đó), vài người đã có cơ hội để xem toàn bộ công trình. Tuy nhiên, nhiều bổ sung khác nhau cho Sử ký vẫn được làm. Nhà sử học Lưu Tri Kỷ (劉知幾, 661-721) nêu lên tên của tổng cộng mười lăm học giả được cho là đã bổ sung cho Sử ký trong thời kỳ sau cái chết của Tư Mã Thiên. Chỉ có những bổ sung bởi Trử Thiểu Tôn (褚少孫, khoảng năm 105 TCN - khoảng năm 30 TCN) được chỉ rõ bằng cách thêm câu "Ông Trử nói" (Chu xiansheng yue, 褚先生曰).

Ngay trong thế kỷ thứ nhất, Ban Bưu và Ban Cố tuyên bố rằng mười thiên trong Sử Ký Tư Mã Thiên bị thiếu. Một số lượng lớn các chương nói về thế kỷ đầu tiên của nhà Hán (tức là thế kỷ thứ II TCN) tương ứng chính xác với các chương liên quan từ Hán thư (Hanshu). Hiện chưa rõ liệu những chương đầu là đến từ Sử ký hoặc từ Hán thư. Nhà nghiên cứu Yves Hervouet (1921-1999) và A.F.P. Hulsewé lập luận rằng bản gốc của 10 thiên nói trên của Sử ký đã bị thất lạc và sau đó được tái tạo lại bằng các thiên tương ứng từ Hán thư [18]